Copiar de una carpeta a otra

rsync -rLptgoDvz -e "ssh -o StrictHostKeyChecking=no -o UserKnownHostsFile=/dev/null" --progress source target

Notar que el argumento de la opción -e evita que rsync se detenga para preguntar si el servidor de destino es uno conocido

Copiar pero basandose en checksums en vez de fecha

rsync -rLptgoDvz -c -e "ssh -o StrictHostKeyChecking=no -o UserKnownHostsFile=/dev/null" --progress source target

La magia la da el argumento -c